Dos dels llibres més influents de Martinez-Alier són Ecological Economics: Energy, Environment and Society (amb Klaus Schlüpmann, 1987, traducció espanyola 1991) i The Environmentalism of the Poor: Study of Ecological Conflicts and Valuation (2002) (traducció espanyola: El Ecologismo de los pobres: conflictos ambientales y lenguajes de valoración, 2005). Ecological Economics rastreja la història de les crítiques ecològiques a l'economia des de la dècada del 1860 fins al 1940. El llibre va articular una tradició diferent de pensament econòmic i va ser una contribució important al desenvolupament de l'ecologia política. El 2023, Martinez-Alier publicarà Land, Water, Air i Freedom: The Making of World Movements for Environmental Justice (Tierra, Agua, Aire y Libertad: la formación de los movimientos mundiales por la justicia ambiental).