L'Observatori treballarà en quatre grans eixos temàtics: les distribucions i poblacions, els indrets on són les diferents espècies i hàbitats, i el seu nombre, les tendències, com canvia l'abundància i la distribució d'espècies i hàbitats al llarg del temps, les pressions i sensibilitats, quines són les causes dels canvis observats, i les mesures de conservació, o què s'està fent per conservar aquestes espècies i hàbitats