Maher estudia nanopartículas magnéticas para rastrear el cambio climático y los cambios en la salud humana. Richard Harrison la describió como "que había desarrollado por sí sola el campo del magnetismo ambiental".Ella demostró que los suelos que estaban expuestos a mayores precipitaciones producen más magnetita. Ella ha estudiado cómo los polvos arrastrados por el viento afectaron los niveles de gases de efecto invernadero. Le interesan los registros magnéticos de sedimentos terrestres cuaternarios. Lanzó el Grupo de trabajo sobre el polvo de cuantificación de la incertidumbre en el sistema de la Tierra (QUEST) en 2008. Maher se interesó en la contaminación por partículas ricas en metales. En 2013, Maher demostró que los abedules plateados podían usarse como filtros de contaminación. El resultado fue parte de una investigación sobre el impacto de los árboles en la carretera en la concentración de partículas que se encuentran en los hogares de las personas. Los abedules plateados están cubiertos de pequeños pelos, que pueden atrapar las partículas mientras permiten que circule aire limpio. La materia se lava de las hojas cuando llueve, permitiendo que los abedules atrapen aún más partículas. Su trabajo fue examinado por Michael Mosley y Gabriel Weston. Descubrieron que la contaminación acumulada en las casas protegidas por abedules plateados era 50 - 60% menor que en las casas sin ellas. En 2016, Maher encontró nanopartículas tóxicas en el tejido cerebral humano .Al estudiar las nanopartículas con un microscopio electrónico, Maher descubrió que eran pequeñas y redondas, lo que indica que se habían formado a altas temperaturas.Como las nanopartículas tienen diámetros inferiores a 200 nm, pueden ingresar al cerebro a través del nervio olfativo La magnetita puede producir especies reactivas de oxígeno en el cerebro. Maher se preocupó de que estas partículas de magnetita pudieran estar relacionadas con la enfermedad de Alzheimer ,enfermedad mental y inteligencia reducida. Ella apareció en la BBC Radio 4 's Dentro de la Ciencia en 2018, discutiendo el Gobierno del Reino Unido Estrategia de Aire Limpio.