Margalef va rebre altres nombrosos guardons, com el Premi Huntsman, considerat el «Premi Nobel» en oceanografia (1980), la medalla NarcÃs Monturiol (1983), el Naumann-Thienemann de limnologia (1983), el Premi Ramón y Cajal (1989), el Premi Alexander von Humboldt (1990), la Creu de Sant Jordi (1997), el Premi Rainiero III de Mònaco (1998), i la Medalla d'Or del CSIC (2002)
